W skład Inspektoratu wchodzą następujące komórki organizacyjne:

Zespół do spraw administracyjnych w skład którego wchodzą:

 a) Dział do spraw administracyjno-gospodarczych, zaopatrzenia, informatyki i sekretariatu

 b) Dział do spraw pracowniczych

Zespół do spraw audytu kontroli urzędowych

Zespół do spraw finansowo-księgowych

Zespół do spraw obsługi prawnej

Zespół do spraw nadzoru farmaceutycznego

Samodzielne stanowisko do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy oraz spraw przeciwpożarowych,

Samodzielne stanowisko do spraw ochrony informacji niejawnych i spraw obronnych

Zespół do spraw zdrowia i ochrony zwierzat w skład którego wchodzą:

 a) Dział do spraw zdrowia zwierząt

 b) Dział do spraw ochrony zwierząt

Zespół do spraw bezpieczeństwa żywności

Zespół do spraw pasz i utylizacji

Zakład Higieny Weterynaryjnej

 a) Sekretariat

 b) Pracownia Badań Patologicznych Chorób Zwierząt

 c) Pracownia Badań Serologicznych Chorób Zwierząt, w skład której wchodzi:

     Punkt Przyjęcia Próbek Materiału Zakaźnego

 d) Pracownia Badań Mikrobiologicznych Żywności i Pasz, w skład którego wchodzą:

     Dział Badań Mikrobiologicznych Żywności

     Dział Badań Mikrobiologicznych Pasz i Oznaczania Pozostałości Antybiotyków

  e) Pracownia Badań Chemicznych Żywności i Pasz, w skład której wchodzi:

     Punkt Przyjęcia Próbek Żywności i Pasz

   f) Pracownia Przygotowania Pożywek i Szkła

W Inspektoracie działają:

• Inspektor Ochrony Danych
• Pełnomocnik do spraw kontroli zarządczej
• Pełnomocnik systemu zarządzania jakością
• Kierownik do spraw jakości

Schemat organizacyjny Wojewódzkiego Inspektoratu Weterynarii w Olsztynie